MRSM Pasir Tumboh mempunyai empat Bahagian utama iaitu Bahagian Pentadbiran, Bahagian Hal Ehwal Akademik, Bahagian Hal Ehwal Pelajar dan Bahagian Ko-Kurikulum. Bahagian-bahagian ini merupakan tunggak utama dalam sistem MRSM Pasir Tumboh. Bahagian pentadbiran diterajui oleh Penolong Pegawai Tadbir Kanan, Hal Ehwal Akademik diterajui oleh Timbalan Pengetua HEA, Hal Ehwal Pelajar diterajui oleh Timbalan Pengetua HEP manakala Ko-kurikulum diterajui oleh Timbalan Pengetua Ko-kurikulum.

Unit Pentadbiran yang diterajui oleh Penolong Pegawai Tadbir Kanan disokong oleh staf-staf yang berdedikasi seramai 24 orang yang banyak membantu dalam  melancarkan urusan pentadbiran maktab.

Bahagian ini diketuai oleh Encik Anar Bin Hassan berjawatan Pen. Peg. Tadbir (Kanan).

Objektif utama bahagian ini adalah untuk memastikan setiap urusan pentadbiran, kewangan dan penyeliaan asrama  berjalan dengan lancar dan sempurna.